С 1 июля 2014 года в Казахстане на добровольной основе появилась возможность выписывать счета-фактуры в электронном виде (ЭСФ). Использование ИС ЭСФ осуществляется на бесплатной основе. Для того, чтобы выписывать ЭСФ необходимо зарегистрироваться в ИС ЭСФ и стать участником ИС ЭСФ. Выписка ЭСФ производится в Информационной системе электронных счетов-фактур (ИС ЭСФ), администратором которой является Комитет Казначейства Министерства финансов Республики Казахстан. Счет-фактура, выписанный в электронной форме, заверяется электронной цифровой подписью.

С 1 января 2019 года согласно пункта 2 статьи 263 Налогового Кодекса от 1.01.2017 года все плательщики НДС обязаны выписывать счет-фатуры в электронной форме.

Также согласно пункта 3 статьи 412 Налогового Кодекса счет-фактура в электронной форме выписывается в информационной системе электронных счетов-фактур в порядке и по форме, которые определены уполномоченным органом (по новой версии).

Счет-фактура выписывается в электронной форме, за исключением следующих случаев, когда налогоплательщик вправе выписывать
счет-фактуру на бумажном носителе:

1) отсутствия по месту нахождения налогоплательщика в границах административно-территориальных единиц Республики Казахстан сети телекоммуникаций общего пользования.

Информация об административно-территориальных единицах Республики Казахстан, на территории которых отсутствуют сети телекоммуникаций общего пользования, размещается на интернет- ресурсе уполномоченного органа;

2) возникновения в информационной системе электронных
счетов-фактур технических ошибок, подтвержденных уполномоченным органом.

После устранения технических ошибок счет-фактура, выписанный на бумажном носителе, подлежит регистрации в информационной системе электронных счетов-фактур в течение пятнадцати календарных дней с даты устранения технических ошибок.

В счет-фактуре обязательно должны указываться:

1) порядковый номер счета-фактуры;

2) идентификационный номер поставщика и получателя товаров, работ, услуг;

3) в отношении физических лиц, являющихся получателями товаров, работ, услуг, – фамилия, имя, отчество (если оно указано в документе, удостоверяющем личность);

4) дата выписки счета-фактуры;

5) в случаях, предусмотренных статьей 416 настоящего Кодекса, статус поставщика – комитент или комиссионер;

6) в случае реализации подакцизных товаров в счете-фактуре дополнительно указывается сумма акциза;

7) наименование реализуемых товаров, работ, услуг;

8) размер облагаемого (необлагаемого) оборота;

9) ставка налога на добавленную стоимость;

10) сумма налога на добавленную стоимость;

11) стоимость товаров, работ, услуг с учетом налога на добавленную стоимость;

12) в отношении товаров – код товарной номенклатуры внешнеэкономической деятельности.